Le Muséum propose chaque année plusieurs projets à destination de classes de l’élémentaire et du secondaire.

Pour les primaires :
– Enquêtes au Muséum
– Biodivers-cités
– Rencontres paléontologiques de Montréal-du-Gers
– Argonimaux en partenariat avec le CNES
– Les journées de l’ours
– Les petits écureuils

Pour les secondaires :
– La classe, l’œuvre
– Rencontres paléontologiques de Montréal-du-Gers
– Projet Tous l’Autre en partenariat avec le Musée départemental de la Résistance et de la Déportation
– Le City nature challenge scolaire